Alcance. Plausible mide tráfico web. Ese es todo el producto: visitantes, fuentes, páginas, objetivos, un panel que alguien puede leer sin formación. Matomo apunta a la paridad de funciones con Google Analytics (mapas de calor, grabaciones de sesión, medición de aplicaciones, informes a medida, un gestor de etiquetas) y es algo mucho más grande de aprender y de llevar.
Cookies. Plausible no almacena nada en el dispositivo del visitante, punto. Matomo puede configurarse así y de serie no lo está. Si tu motivo para dejar Google Analytics es el banner de consentimiento, esa diferencia es toda la decisión: una de las dos quita la pregunta y la otra la convierte en una configuración que tienes que acertar y mantener acertada.
Lo que te cuesta llevarlo. Los dos son de código abierto y los dos se pueden autoalojar. No son igual de fáciles de operar: Matomo es sustancialmente el más pesado, que es el precio de la lista de funciones. La nube de Plausible es el camino más sencillo y es una suscripción; Matomo autoalojado no cuesta licencia y se paga en servidor, actualizaciones y atención.
Dinero. Plausible no tiene capa gratuita: pagas desde el primer día, en un plan de nube. Matomo es gratis si lo alojas tú y se vende como plan de nube si no. «Gratis» significa por tanto dos cosas completamente distintas en la misma frase, y la versión honesta es que la opción gratuita de Matomo lleva dentro el tiempo de un operador.
Aplicaciones. Matomo mide aplicaciones móviles. Plausible no, y no dice que lo haga. Si el software que la gente instala forma parte de lo que necesitas entender, esto termina la comparación por sí solo.