Alcance. O Plausible mede tráfego web. É esse o produto todo: visitantes, fontes, páginas, objetivos, um painel que alguém consegue ler sem formação. O Matomo aponta à paridade de funcionalidades com o Google Analytics (mapas de calor, gravações de sessão, medição de aplicações, relatórios à medida, um gestor de etiquetas) e é uma coisa muito maior de aprender e de gerir.
Cookies. O Plausible não armazena nada no dispositivo do visitante, ponto final. O Matomo pode ser configurado assim e de origem não está. Se a tua razão para deixar o Google Analytics é o banner de consentimento, essa diferença é a decisão toda: um deles retira a pergunta e o outro transforma-a numa configuração que tens de acertar e manter acertada.
O que te custa geri-lo. Os dois são de código aberto e os dois podem ser autoalojados. Não são igualmente fáceis de operar: o Matomo é substancialmente o mais pesado, que é o preço da lista de funcionalidades. A nuvem do Plausible é o caminho mais simples e é uma subscrição; o Matomo autoalojado não tem custo de licença e paga-se em servidor, atualizações e atenção.
Dinheiro. O Plausible não tem camada gratuita: pagas desde o primeiro dia, num plano de nuvem. O Matomo é gratuito se o alojares tu e vendido como plano de nuvem se não. «Gratuito» significa portanto duas coisas completamente diferentes na mesma frase, e a versão honesta é que a opção gratuita do Matomo tem lá dentro o tempo de um operador.
Aplicações. O Matomo mede aplicações móveis. O Plausible não, e não diz que mede. Se o software que as pessoas instalam faz parte do que precisas de perceber, isto termina a comparação por si só.